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El 15 de junio, el presidente del Racing de Santander Francisco Pernía, confirmó que el técnico del Málaga Club de Fútbol, Juan Ramón López Muñiz, sería el entrenador del Racing para la próxima temporada.

El 29 de agosto se confirma en el sorteo de la Copa de la UEFA celebrado en Mónaco quién es el primer rival en esta competición de la historia del club, y toca el equipo finlandés del FC Honka Espoo, jugando el partido de ida en el Sardinero y la vuelta en el Finnair Stadium de Helsinki. En el partido de ida el conjunto cántabro ganó 1-0 y en el de vuelta 0-1, por lo tanto los cántabros se clasifican para la liguilla de la UEFA. El Racing se enfrentó en esta liguilla al Twente en Enschede (1-0 para los holandeses), al Schalke 04 (1-1, en casa), Paris Saint Germain (2-2 en París) y finalmente al Manchester City (3-1, en los Campos de Sport) Llegaba a la última jornada necesitando sacar un mejor resultado que el PSG, pero pese a la victoria racinguista sobre el Manchester City, dos tardíos goles de los franceses en París (4-0 al Twente) dejaban a los cántabros fuera de la UEFA.

Al final de la temporada 2008/09 el Racing termina en Liga en un respetable 12º puesto. Juan Ramón López Muñiz es destituido al concluir dicha temporada y vuelve a su anterior club, el Málaga Club de Fútbol.

Para la temporada 2009/2010, se confirma la contratación de Juan Carlos Mandiá tras su excelente temporada en el Hércules logrando un meritorio 4º puesto en Segunda División. Pese a la gran expectación, y gran número de fichajes (Manuel Arana, Pape Diop, Álex Geijo, José Ángel Crespo, Marc Torrejón, Nasief Morris, Henrique, Xisco Jiménez, László Sepsi y el ex internacional Luis García entre otros, en las primeras jornadas de la Liga es destituido tras una serie de malos resultados. El entrenador elegido para sacar adelante al equipo es Miguel Ángel Portugal, con el que el Racing ya consiguió un magnífico 10º puesto en la 2006/2007. Es durante el partido Espanyol-Racing perteneciente a la jornada 13 cuando el equipo toma buen rumbo, ganando a domicilio 0-4 y saliendo así de los puestos de descenso. El 27 de enero de 2010 el equipo cántabro logra por segunda vez en su historia pasar a las semifinales de la Copa del Rey. El 16 de mayo de 2010 el Racing consiguió la permanencia tras ganar al Sporting de Gijón 2-0 en el Sardinero.